Alter, prædikestol og orgel er det første, der møder én, når man kommer ind i kirken.
I dag bruger præsterne sjældent prædikestolen - og orglet betjenes oftest fra spillebordet på gulvet.

Et af Christians Kirkes særkender er det tværvendte kirkerum - en byggestil, der vandt frem efter Reformationen for at sikre nærhed til alteret og præstens ord, men som er sjælden i Danmark. Derudover er kirkens loger et særligt syn - og det, der har givet kirken tilnavnet 'Teaterkirken'. Ved kirkens opførsel var salg af private loger med til at finansiere byggeriet.

Kongelogen er placeret sådan, at præsten kunne se kongen direkte i øjnene, når han talte fra prædikestolen - måske for at sikre sig, at den livlige Frederik V ikke faldt i søvn?

Våbenkskjoldet bærer Frederik V's monogram - og bæres som altid af to let påklædte vildmænd.

Kongelogen er som den eneste af kirkens loger stadig lukket for offentligheden. Kun den royale familie har adgang - og ifølge kirketjenerne hersker der så megen respekt om denne loge, at ikke engang edderkopperne finder vej derind og sætter spor af spindelvæv.

Kirkens loger er et særsyn - som havde en helt praktisk grund. Da kirken blev bygget, donerede de mest velhavende familier et beløb og fik deres egen private loge. Størrelsen på ens loge afhang - naturligvis - af den givne donation. Logerne kunne afskærmes med glasruder - så man bedre kunne holde varmen og måske endda få drøftet en forretningsplan eller andet vigtigt under den flere timer lange gudstjeneste. De mindre bemidlede måtte finde sig en plads på kirkebænkene under præstens strenge blik - eller for soldaternes vedkommende helt oppe under loftet.

Kirkens to prægtige lysestager samt altersølvtøjet, som bruges under højmessen, er doneret af likørfabrikant Peter F. Heering. Som "tak" fik familien et gravkapel i kirkens krypt.

Krypten under Christians Kirke er et sted, hvor pårørende kan besøge deres kære - og samtidig et historisk rum, hvor mange af de personer, der har haft stor betydning for kirken, er sted til hvile. Krypten er åben for alle i kirkens normale åbningstid.

I 2018 blev kirkens spillebord, som giver organisten mlighed for at betjene kirkens orgel fra gulvet, udsmykket med Arne Haugen Sørensens farverige triptykon.

Værket fortæller hberetningerne om Den sidste nadver, Judaskysset og korsfæstelsen på Golgatha.